PyMOL

PyMOL es un sistema de visualización molecular diseñado para investigadores en biología estructural y ciencias de la vida. Su objetivo principal es facilitar el análisis, la manipulación y la preparación de imágenes gráficas de alta calidad de proteínas y datos experimentales, como los obtenidos mediante cristalografía, resonancia magnética nuclear o microscopía electrónica. La herramienta resuelve la necesidad de visualizar estructuras moleculares complejas de manera intuitiva y precisa.

Las funciones principales del software incluyen las siguientes capacidades:

• Visualización molecular para cargar y manipular moléculas desde diversos formatos y fuentes.
• Control por interfaz gráfica que permite operar el programa mediante menús o comandos.
• Extensibilidad con Python gracias a su base de código abierto y su integración con el lenguaje de programación.
• Raytracing integrado para generar imágenes de alta calidad de las vistas generadas.
• Resolución de ecuaciones Poisson-Boltzmann mediante el solver adaptativo incluido.

PyMOL opera bajo un modelo de licencia de código fuente disponible, siendo un producto comercial mantenido por Schrödinger pero con la mayor parte de su código libremente accesible. El proyecto se financia a través de la compra de licencias por parte de la comunidad científica, lo que permite mantener su desarrollo y estabilidad. Algunos usuarios podrían buscar alternativas debido a la necesidad de adquirir una licencia para ciertos usos o preferir herramientas completamente gratuitas y de código abierto sin restricciones comerciales.